Монастырь Святого Иоанна, францисканского ордена, был возведен по заказу «Католических королей», Фердинанда и Изабеллы, на рубеже XV и XVI веков, в готическом стиле «исабелино». Церковь была задумана как памятник победе испанских монархов в сражении с Альфонсом V Португальским при Торо (1476) – важному этапу в разрешении конфликта, вызванного восхождением на трон Хуаны ла Бельтранеха. Церковь является одним из лучших образцов архитектуры Испании в готическом стиле «исабелино».

Монастырь находится в западной части города на берегу реки Тахо неподалеку от моста Святого Мартина (Puente de San Martin). Здание церкви выложено из цельных кусков гранита.

Изначально церковь планировалась как будущая усыпальница «Католических королей», однако впоследствии они были погребены в Гранаде. Главный архитектором был избран Хуан Гуас. Архитектору пришлось делать два проекта, первый не понравился королеве из-за его простоты, второй стал более нарядным и монументальным. Хуан Гуас вел строительство храма с 1477 года по 1492 год, когда он умер. Дополнительные работы позднее проводились архитекторами Антоном и Энрике Эгас и Симоном де Колония в XVI веке во времена правления короля Испании Карла I.