НЕМО возник на базе Музея труда, существовавшего в 1920—1930-е годы, в 1950—1960-е называвшегося Голландским институтом индустрии и технологий. К концу 1980-х возникла идея образовательного музея, который мог бы пробуждать интерес к науке и технологиям с самого раннего возраста. Через 6 лет, летом 1997 года, музей под названием «Новый метрополь» (New Metropolis) был открыт, с участием королевы Нидерландов Беатрикс. Спустя два года у музея случились финансовые трудности, он даже прошёл процедуру банкротства. Тогда произошла некоторая реорганизация, музей стал именоваться Национальным центром науки и технологий.