Бонненфантен-музей был основан в 1884 году, как музей истории и археологии провинции Лимбург. За время своего существования музей поменял несколько помещений. А своим названием музей обязан бывшему женскому монастырю Бонненфантен, в здании которого он располагался с 1951 по 1978 годы.

В 1995 году музей переехал в современное здание, построенное по проекту итальянского архитектора Альдо Росси. Стоит отметить, что ракетообразная башня нового здания имеет высоту 28 метров, являясь отличным ориентиром для горожан и гостей Маастрихта. Само же здание музея, выполненное в стиле модерн , является одной из выдающихся современных построек города.