Он строился начиная с 1254 как кафедральный храм Утрехтской епископии. В 1580 году Реформация взяла верх в Утрехте, и с тех пор собор работает как протестантский, за исключением времен французской оккупации в 1672—1673 гг., когда проводились католические службы.
Центральная часть церкви была разрушена смерчем в 1674 году. В результате башня оказалась отделена от уцелевшей части собора. Последствия разрушения были окончательно устранены только в 1826 году. Император Наполеон в 1811 году разделил имущество церкви и отдал башню в ведение города.