Название монастырю было дано по имени первого святого русской православной церкви – Алексия, митрополита Московского. В 1620 году на воронежской земле были отражены атаки литовцев и черкас. В честь этого события заложили Алексеевский храм. Имя святого выбрано не случайно. Именно в день победы над врагами по православному календарю свершается память о святителе Алексее. Место для возведения храма выбрали пустынное, заросшее деревьями, в двух верстах от Воронежа. Изначально сюда хотели перевести ежегодно подтопляемый в половодье Успенский храм. Поляна, где заложили Алексеевский храм называется Акатовой (или Окатовй). Это название вошло и в название строящегося храма – Алексиево-Акатов. Изначально монастырь был основан как пустынножительский и назывался «новой пустынью Олексея Митрополита Московского Чудотворца» (согласно старинному документу называемому сказкой Феодосии). Первым настоятелем Акатова монастыря стал игумен Кирилл (также он устроил Успенский храм). Изначально Акатову храму принадлежала деревянная церковь («древена клецки») имени святого Алексия, кельи для игумена и четырёх старцев. Чуть позже вокруг Акатова храма стали строить жилые дома. В XVII веке монастырь владел крепостными крестьянами, землей, сенокосами, рыбными ловлями. В 1674 году на доходы от этих промыслов была возведена первая в городе каменная церковь вместо старой деревянной. В 1700 году Акатов монастырь был объединен с Успенским. Вместе с этим ему были приписаны и все земельные угодья Успенки. Акатов стал единственным в Воронеже мужским монастырем, а его настоятель – архимандритом. Приход монастыря постепенно рос, поэтому в храме несли службу два священника, относящиеся к белому духовенству. Но число насельников (монахов) никогда не было больше двадцати человек. С 1742 года Акатов монастырь находился в ведомстве викарных епископов Острогожских. В начале XVIII века архимандритом Никанором в Акатов монастырь была привезена копия иконы Божией Матери Троеручицы. Образ был написан в Новоиерусалимском Воскресенском монастыре - начало монашеского пути архимандрита Никанора. Позже икону признали чудотворной. В 1746-1755гг. при участии настоятеля Ефрема возвели второй этаж каменной церкви. Здесь разместился храм во имя Владимирской иконы Божией Матери. При постройке пришлось заново перестраивать фундамент со стороны алтаря, так как имеющийся был ненадежным. Чуть позже были организованы приделы во имя святых Антония и Феодосия Печерских. При Екатерине II в 1764 году Акатов храм получил второй класс по значимости в городе. Он стал «штатным» монастырем и содержался за счет государства. Из казны выделялось 713 рублей 94 копейки серебром в год. Во владении его находилось озеро и восемь десятин земли. При архимандрите Сампсоне (1713-1793) в 1770-80х гг. отстроили трапезную, кельи, пекарню, корпус настоятеля, каменную ограду храма с тремя башнями. При этом две башни выстроили двухъярусными, а третью сделали жилой. В 1796 году вновь начали перестройку каменной церкви. Она длилась два года, при этом церковь была перестроена практически от основания. Из Тавровской крепости на время ремонта была привезена деревянная церковь. В 1804 году Аникеева Авдотья Васильевна пожертвовала храму крупную сумму денег, на которую решено было возвести новую каменную церковь «в византийско-русском стиле». Изначально планировалось завершить строительство храма за три года, но в 1805 году у церкви обрушился каменный карниз. Новый храм строили восемь лет; нижнюю церковь освятили 20 мая 1812 года, верхнюю достроили в 1819 году. Старую церковь планировали разобрать в 1819 году, после окончания строительства, но, в результате, она перестала существовать (осталась только колокольня) лишь в 1879 году. Новая церковь была построена без колокольни высотой вместе с крестом 32 метра (или 15 сажен). Церковь была соединена двухэтажным теплым коридором с домом настоятеля. Внутри церковь была построена по форме правильного круга, означавший вечность христианства. Среди церковных ценностей значилось несколько восьмиконечных серебряных крестов конца XVII века, икона Живоносного источника (появилась в 1820 году благодаря архимандриту Мефодию), несколько копий икон В. М. Васнецова, чудотворная икона Божией Матери Троеручицы. Вокруг последней иконы воскрешенные подвешивали фигурки человеческих органов сделанных из серебра. В 1879-1880 годы на улице Введенской (современная Освобождения Труда) была отстроена колокольня, представляющая собой четыре яруса со шпилем и крестом высотой 49м (23 сажени). Первый ярус занимала церковь имени преподобного Сергея Радонежского (освящена 27 июня 1903 года), она была домовой церковью викария. Второй ярус был отведен под народные чтения. Всего на колокольне находилось 10 колоколов, самый большой из которых веси 5,3тонны (331 пуд 12 фунтов). Во второй половине XIX века на территории Акатова монастыря действовал Епархиальный училищный совет и (под председательством викарного епископа) Епархиальный комитет православного миссионерского общества. Также во дворе располагались двухэтажный дом настоятеля, братские корпуса, трапезная, хлебная, ледник, школа, в которой подготавливали педагогов приходских школ и учителей церковного пения. В начале XX века во дворе храма находилось около десятка различных строений. В начале XX века роспись стен и иконостас были отреставрированы под присмотром инженера-технолога А. Р. Михайлова. Заново храм освящен был 1 ноября 1909 года. В январе 1930 года рабочими завода имени Коминтерна были выдвинуты требования горсовету о закрытии Акатова монастыря, запрещении колокольного звона и переплавки колоколов для нужд общества. Правительством в конце 1930го – начале 1931го был поставлен вопрос о конфискации решеток и разборе памятников на территории Акатова монастыря. Монастырь закрыли летом 1931 года, а монахов попросту выгнали. Имущество монастыря утеряно. Иконы, которые не вывезли из Воронежа в преддверии немецкого наступления, были сожжены во время оккупации в запасниках, находящиеся во дворе современного здания ЮВЖД. Сохранилась чудотворная икона «Живоносный иточник», находившаяся в Покровском соборе. Владыка Мефодий благословил её возвращение в Акатов храм 12 апреля 1991 года. Чудотворная икона Божией Матери Троеручицы безвозвратно утеряна. В 1980г годы началось возрождение храма. Сначала отреставрировали самую старую колокольню. Работы выполнялись по проекту архитектора Полещука Т. И.. Но кладбище и надгробные памятники утеряны навсегда. Монастырь возвращен епархии в 1989 году. Двухэтажную церковь отстроили вновь за два года. Надвратную колокольню было принято превратить в церковь, а не восстанавливать до прежней 50-метровой высоты. Поэтому эту колокольню восстановили лишь до второго яруса и увенчали пятью главами. В 1993 году перезахоронили останки владык XVIII — XIX веков (с Коминтерновского кладбища) — Пахомия (Шпаковского), Арсения (Москвина), Антония II (Смирницкого), Серафима (Аретинокого), Вениамина (Смирнова), Анастасия (Добрадина) и Тихона IV (Никанорова). Был организован надгробный знак ученому М. С. Цвету. 4 ноября 1990 году (праздник Казанской иконы Божией Матери) Акатов монастырь был открыт как женский. До апреля 1992 года настоятельницей была игуменья Любовь, затем пришла игуменья Варвара (Сажнева). При Акатовом монастыре находится резиденция епархии, перенесенная от Покровского собора из-за строительства здания академического театра драмы имени А. В. Кольцова. Резиденция построена по проекту Станислава Гилева, выполнена из красного кирпича и находится на улице Освобождения Труда. В резиденции пребывает митрополит Воронежский и Борисоглебский Сергий (Фомин). При резиденции также находится домовая церковь во имя иконы Знамения Божией Матери.