Церковь Святого Благоверного Князя Александра Невского (до 1869 года-Николая Чудотворца) находится на правом берегу реки Вологды, близ теплого кафедрального Воскресенского собора, юго-восточнее Архиерейского дома. Храм удачно дополняется панораму соборов со стороны реки. Территория, на которой он располагается, в прежние времена именовалась "Известной Горой" (эта известковая насыпь оставалась здесь со времен Ивана Грозного, когда по его указу в Вологде осуществлялась постройка каменной крепости). Основание церкви, по свидетельству одного старинного сказания, относится ко времени царя Иоанна Грозного, а именно к 1554 году. В этом году, по преданию, в Вологду из Вятской области, с Великой Реки, была принесена икона Святого Николая Чудотворца Великорецкого. По этому случаю в Вологде во имя этого Угодника был построен новый деревянный храм, в котором святая чудотворная икона была установлена в 1555 году, по царскому повелению. Известно, что первоначальное храмовое место Николаевской церкви было иным: она находилась напротив бывшего Ильинского мужского монастыря (позднее - приходская Ильинская церковь), "на Старом Торгу". В начале XVII века церковь Николая Чудотворца, по благословению епископа, была перенесена на нынешнее место, к кафедральному собору и архиерейскому дому. Во время польско-литовского нашествия и "вологодского разорения" в сентябре 1612 году Чудотворный образ Николая Великорецкого был скрыт в известковой насыпи монахом Исаием, и таким образом сохранен. Деревянная церковь Николая Чудотворца во время сильного пожара в июне 1698 года, затронувшего всю набережную города от Вознесенской церкви до Софийского собора и повредившего сам собор и архиерейский дом, сгорела. В начале XVIII века (по другим данным-в период 1750-1780 гг.) на ее месте был построен каменный храм. Церковь была одноэтажной, одноглавой и находилась в связи с колокольней, устроенной над папертью. Главный корпус церкви служил холодным храмом, в нем находился престол во имя Нерукотворного образа Господня (он был освящен в 1811 году Преосвященным Евгением, епископом вологодским). С западной стороны к главной части храма примыкало второе отделение - теплая церковь с придельными престолами: справа - во имя Святого Николая Чудотворца, слева - во имя Преподобного Кирилла Новоезерского. В 1781 году приход Николаевской церкви на Извести насчитывал 46 дворов. Церковь Николая Чудотворца оставалась приходской до 1826 года. К этому времени многие приходские дома вокруг нее были уничтожены, а оставшиеся прихожане были не в состоянии содержать церковь, и она пришла в упадок. Церковь Николая Чудотворца стала бесприходной и была приписана вместе со своим имуществом и угодьями к вологодскому кафедральному собору; прихожане же храма были определены в приход Покровской церкви на Торгу. Старинный образ св. Николая Великорецкого был перенесен в трапезу Воскресенского Собора. После этого богослужение в храме Николая Чудотворца на Извести совершалось лишь в воскресные и праздничные дни. В 60-х годах XIX века церковь Николая Чудотворца усилиями вологжан была возобновлена снаружи и полностью перестроена внутри в связи со сменой посвящения. В 1869 году она была переосвящена в церковь Святого Благоверного князя Александра Невского, в память события 4 апреля 1866 года (неудача покушения Д. Каракозова на Александра II). С 1920-х гг. храм был закрыт. Службы в нем возобновились в 1997 году. С 12 сентября 2002 года шесть новых колоколов украшают церковь Александра Невского (до этого там был только один колокол). 6 мая 2004 года, в день преподобного Георгия Победоносца, в церкви Александра Невского был открыт мемориальный комплекс памяти воинов-вологжан, погибших в Афганистане и Чечне. 176 фамилий высечено золотыми буквами на мраморных плитах.