Собор находится в юрисдикции Новосибирской и Бердской епархии Русской православной церкви.Собор — одна из первых каменных построек на территории Новониколаевска, сооружён в неовизантийском стиле. В 1895 году жители Новониколаевска обратились к Томскому епископу Макарию (Невскому) с ходатайством о постройке в городе храма во имя благоверного князя Александра Невского. Благословение было получено, образовали комитет, который возглавил начальник строительства Среднесибирского участка железной дороги инженер Н. Г. Меженинов. Был организован сбор пожертвований. В декабре 1895 года был освящён временный деревянный молитвенный дом, сборы которого указом консистории должны были поступать в комитет по постройке храма.
Строительство велось в 1897—1899 годах.Ныне в соборе ежедневно совершаются богослужения, прихожанами активно ведется миссионерская и благотворительная деятельность. При соборе действуют православное братство и православное сестринство, которые занимаются благотворительной и просветительской работой. Также в храме работает центр по борьбе с сектами.