Первые зоопарки в Чехии появились ещё при первых чешских королях как частные зверинцы. Пражский зоопарк наибольшего расцвета достиг во время правления Рудольфа II, но во время Тридцатилетней войны пришёл в упадок. Возрождение зоопарка началось в 1921 году, когда было принято решение о строительстве зоологического сада в Тройской котловине. Строительство заняло 10 лет. Первоначально, после открытия, зоопарк насчитывал 200 зверей и занимал площадь 8 гектар. Зоопарк развивался и в начале XXI века его площадь составила уже 60 гектар.