Уже в конце XIX века в Гамбурге был аптекарский огород. В город-порт привозили растения со всего мира. Первый ботанический сад был заложен доктором Ёханнесом Флюгге в 1810 году. Благодаря его усилиям за короткое время была собрана большая коллекция растений. Но из-за войны, начатой Наполеоном, дело Флюгге погибло. В 1819 году было принято решение всю территорию ботанического сада использовать как место отдыха горожан.