Время основания первой Владимирской церкви точно не известно. Надпись на храмовой иконе Владимирской Божией Матери свидетельствует, что в 1549 году деревянная церковь уже существовала, по документам, хранившимся в церковном архиве, время постройки храма относится ко временам до царствования Ивана Грозного. Известно также, что в XIV—XV веках Вологда была разделена на три части («трети»), находившихся под управлением соответственно Москвы — Владимирская треть, наименованная по Владимирской церкви, Новгорода — Успенская треть, по церкви Успения (позднее — Успенский собор Горне-Успенского монастыря) и Ростова — Мироносицкая треть, по церкви Жен-Мироносиц. В XVI—XVII веках Владимирская церковь называлась посадской, так как после постройки Вологодского кремля оказалась за стенами Города, то есть в посаде, в XVIII — начале XIX века именовалась «что у Пороховой башни». Согласно записям в писцовой книге 1627 года, имелось две деревянных церкви (шатровый храм Пречистой Богородицы Владимирской и клетский с трапезной храм Феодосия Печерского), также упоминается колокольня. В 1684—1689 годах согласно завещанию богатейшего вологодского купца, торгового гостя Г. М. Фетиева строится новое здание тёплого каменного храма во имя Архангела Гавриила с приделом во имя Феодосия Печерского. Старый деревянный тёплый храм Архангела Гавриила был перевезён в Тошенскую волость (Вологодский уезд). В 1759 году (согласно храмозданной грамоте) вместо прежней холодной церкви на новом месте построена новая каменная Владимирская церковь. Владимирский приход был известен как один из самых богатых в Вологде. В XVII и XVIII веках он имел 80 приходских дворов, превосходя бо́льшую часть приходов города (из 48 имевшихся в Вологде в XVII веке церквей больше приходских дворов имели только церковь Иоанна Предтечи в Дюдиковой пустыни, церковь Николая во Владычной слободе и церковь Андрея Первозванного во Фрязинове). Владимирская холодная церковь была закрыта в 1928 году. В здании храма находится стекольная мастерская. Владимирская тёплая церковь закрыта в 1930 году. Здание сильно перестроено, барабаны и купол с главкой разобраны. Помещение используется для нужд автостоянки. Ограда, в том числе врата, полностью уничтожена. Территория замусорена, перегорожена, используется коммерческими предприятиями и жителями близлежащих домов. Прудик между храмами замусорен и зарос. Подход к памятникам затруднён, осмотр внутри — невозможен.