Ещё в кельтские времена на холме, на котором стоит крепость, находилось ограждённое поселение и языческое святилище. На его месте была построена самая древняя церковь Вюрцбурга Мариенкирхе, в которой хоронили вюрцбургских епископов. Под крепостью у Майна находится самая древняя церковь города, носящая имя св. Буркхарда.
На протяжении многих веков крепость неоднократно перестраивалась. Возраст её самых древних сохранившихся частей превышает тысячу лет. С 1253 по 1719 гг. крепость Мариенберг была резиденцией вюрцбургских князей-епископов. С 1573 г. началось постепенное переоборудование крепости в замок в стиле эпохи возрождения. Во время Тридцатилетней войны крепость в 1631 г. была завоёвана шведами, перестроена в барочную крепость, и возле неё был разбит княжеский сад
